魂斗羅的故事發(fā)生在未來世界中。2631年，恐怖組織紅色獵鷹，在新西蘭附近的加魯加群島建立秘密基地，魂斗羅部隊(duì)的比爾和蘭斯?jié)撊氩榭?，意外地發(fā)現(xiàn)了外星異形生物（出自《魂斗羅》）。[8]  從此之后，魂斗羅與外星異形以及紅色獵鷹的戰(zhàn)斗開始打響。魂斗羅部隊(duì)先后平息了異形控制GX軍事基地事件（出自《超級(jí)魂斗羅》）、粉碎了某超級(jí)大國(guó)的異形克隆計(jì)劃（出自《魂斗羅Operation C》）。2636年，異形戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)。異形全面入侵地球，魂斗羅部隊(duì)比爾和蘭斯擊敗了異形橋梁“頭腦生命體”之后戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束，同時(shí)魂斗羅部隊(duì)指揮官巴哈姆上校戰(zhàn)功顯赫成為英雄（出自《魂斗羅精神》）。
　　兩年后的2638年，巴哈姆特上校委派比爾和魂斗羅部隊(duì)新兵寒鋒重回加魯加群島基地執(zhí)行任務(wù)。讓人意外是，紅色獵鷹的基地被人再次開啟了。比爾與寒鋒分別從島嶼南北兩面登陸，在火山口的基地入口處匯合。擊敗了復(fù)活的“陰獸魔神像”后，進(jìn)入敵人要地。
　　在位于基地底層的生化實(shí)驗(yàn)室，比爾和寒鋒遇到了許多不分?jǐn)澄宜奶幑舻膯适勘约氨粏适瑖〉穆吕┦俊２┦空?qǐng)求魂斗羅部隊(duì)救出他的女兒露西亞……
　　強(qiáng)化系統(tǒng)
　　強(qiáng)化，英雄的技能傷害可以實(shí)現(xiàn)提升(所有英雄功用技能等級(jí))，需要注意的是，技能強(qiáng)化等級(jí)會(huì)受到角色等級(jí)的限制，無法超越角色等級(jí)太多。當(dāng)指揮官收集到足量的角色碎片后，即可使角色覺醒，再次強(qiáng)化角色屬性，同時(shí)解鎖覺醒技能。除此之外，英雄在裝備指定的工具之后，還能夠獲得被動(dòng)技能，使主動(dòng)技能擁有更加出色的傷害能力或者附帶擊飛等特殊效果。指揮官也可以在角色界面了解到英雄的定位和生存、控制、移動(dòng)等六項(xiàng)屬性，初始屬性的強(qiáng)弱從某角度而言取決于英雄的品階。
　　軍團(tuán)系統(tǒng)
　　軍團(tuán)是《魂斗羅：歸來》游戲中玩家集體經(jīng)營(yíng)的組織，需要同時(shí)有多位活躍玩家進(jìn)行維持和升級(jí)的同時(shí)，也將為玩家?guī)韇uff和福利。軍團(tuán)資金主要是玩家的捐獻(xiàn)和游戲中的活躍程度來獲得的，只有志同道合，活躍而且協(xié)調(diào)一致的玩家才能很大限度的獲得軍團(tuán)帶來的優(yōu)勢(shì)。軍團(tuán)想要升級(jí)和開啟福利，軍團(tuán)資金是必不可少的要素。軍團(tuán)捐獻(xiàn)就是軍團(tuán)資金主要的來源，軍團(tuán)捐獻(xiàn)分為三檔，初級(jí)捐獻(xiàn)只需要金幣，對(duì)于不是急需軍團(tuán)貢獻(xiàn)的玩家來說是普遍的選擇。獲得的軍團(tuán)資金可以用來提升軍團(tuán)建筑等級(jí)，也可以用來發(fā)福利開boss。